من أجل المحافظة على موارد المائية المتوفرة دعم BGR تأسيس مناطق لحماية موارد المياه في مناطق مختارة. في هذا الإطار عملت وزارة المياه والري بالتعاون مع BGR على وضع إطار قانوني يحدد ويعرف مناطق حماية موارد المياه.

كان من ضمن الأنشطة الرئيسة لهذا المشروع تحديد خمس مناطق لحماية المياه الجوفية (نبع راحوب، حقل آبار الكرودور، حقل آبار الحلابات، نبع البقورية، حقل آبار اللجون/الكرك) ومنطقتان لحماية المياه السطحية (سد وادي الموجب، سد وادي الوالة). دعم BGR لجان ترخيص استخدام الاراضي بمعلومات جيولوجية ذات صلة من أجل الأخذ بجانب حماية المصادر المائية عند إصدار التراخيص. فضلا عن ذلك عملت وزارة المياه والري وBGR على توعية مختلف صُناع القرار على حماية المصادر المائية وإدارتها، كما قام فريق عمل المشروع بتحسين نظام المعلومات الخاص بنوعية المياه.